热兰遮城（今安平古堡）和普罗民遮城（赤嵌楼），并以火炮封锁台江内海。
在旗舰上，郑芝龙召集众将商议具体的夺岛战术：
\"荷人炮台坚固，若正面强攻，必损兵折将。不如以热气球侦察，寻其薄弱之处，再以精锐突袭。\"
当天夜里，明军放出热气球，两名侦察兵居高临下，将荷兰人的布防尽收眼底，并发现赤嵌城北侧城墙年久失修，守备松懈。
次日凌晨，郑芝龙派出一支精锐陆战队，乘坐小艇悄然登陆，潜伏至赤嵌城下。
同时，明军舰队在台江外海佯攻，吸引荷军主力。
\"放信号！\"
郑芝龙一声令下，三支火箭冲天而起。
\"杀！\"
明军陆战队猛然发起冲锋，燧发枪齐射，手榴弹抛上城墙，炸得荷兰守军晕头转向。
总督揆一和守将罗特曼仓促应战，但明军已攀上城墙，短兵相接。
荷兰人虽火器精良，但是远远比不上明军的武器，更是第一次接触到手雷，很快溃败。
一个时辰之后，赤嵌城陷落，揆一率残部逃往热兰遮城。
总攻热兰遮：红衣大炮破坚城
荷兰人退守热兰遮城，负隅顽抗。
热兰遮城三面环海，城墙厚重，火炮密布，易守难攻。
\"调集所有战舰和红衣大炮，给本侯把那个城墙轰塌！\"
博兔尚用三分力，自己的弹药无数，怎么可能让自己的士兵去冲锋。
三十艘蒸汽战舰带领传统战船一百多艘逼近热兰遮城，一字排开，上千门红衣大炮齐发，炮弹如雨点般砸向城墙。
荷兰守军亦以火炮还击，双方炮战激烈，海面硝烟弥漫。
激战半日，热兰遮城西南角城墙终于被轰塌。
郑芝龙见状，立即下令：
\"全军冲锋！夺城！\"
“迫击炮，不要节省炮弹，用炮弹开路！”
明军陆战队如潮水般涌入缺口，迫击炮开路，燧发枪射击，手榴弹找补，顺利攻入城内。
荷兰人虽顽强抵抗，寡不敌众，只要是武器的代差，很快就彻底摧毁了斗志。
最终全军覆没，仅余少数几十人在负隅顽抗。
“揆一，你再不投降，本侯将台湾岛上的所有荷兰人全部处死！”
“总督大人，投降吧！我们已经不可能获胜了。”
罗特曼在揆一身边劝道：
“投降了，或许还有机会活下来。否则，就真的一个也活不了了。”
随着白旗的升起，荷兰人在台湾的历史，就此结束。
肃清残敌：荡平倭寇
荷兰人虽灭，但台湾岛上仍有倭寇海盗盘踞。
郑芝龙早年曾与倭寇交手，深知其凶悍，遂下令：
\"凡遇倭寇，格杀勿论！\"
明军舰队沿台湾西海岸扫荡，在鹿港、淡水等地遭遇倭寇巢穴。
倭寇战船轻快，企图以接舷战取胜，但明军蒸汽战舰速度更快，迫击炮远程轰击，倭寇尚未靠近，便已船毁人亡。
残余倭寇逃入深山，郑芝龙派兵进剿，并招抚当地土着，共同围剿。
不出半月，台湾全境肃清。
台湾光复：大明版图再归一统
崇祯三年十二月初，郑芝龙在热兰遮城举行受降仪式，宣布台湾重归大明。
他上奏朝廷，请设台湾府，并留兵驻守，以防外敌再犯。